行政庁について

行政庁は、公益財団の公益認定や移行法人の移行許可、公益財団と移行法人の監督を行う立場にあります。
具体的な権限については、認定法や整備法に個別に定められているため、確認が必要です。
特例民法法人が移行認定申請や許可申請をする場合は、申請書を提出する行政庁は2以上の都道府県の区域において、登記された事業所を設置する公益財団法人、または、公益目的事業、公益目的支出計画の実施事業を2以上の都道府県の区域内において実施する旨を定款で定める法人は、内閣総理大臣とされています。
2以上の都道府県の区域において登記された事務所を設置しない場合や、公益目的事業や公益目的支出計画の実施事業に該当しない場合は、その事務所が所在する都道府県知事であるとされています。
旧主務官庁が省庁である特例民法法人の移行認可申請先は、定款における実施事業の地域の定めに関わらず、内閣総理大臣になるため、注意しましょう。
また、一般法人から公益財団法人への認定申請先と認定後の公益財産法人の監督についても、上記と同様の区分になります。

現行公益法人制度と新制度の違い

これまでは、公益財団法人の設立には主務官庁制、許可主義といった現行公益法人制度があり、法人の設立と公益性の判断が一体化しており、主務官庁が自由に判断できました。
しかし、現在では主務官庁制、許可主義が廃止され新制度が採用されています。
新制度では、法人の設立と公益性の判断を分離しているのです。
公益財団法人の設立には登記のみで行い、公益性の判断は、民間有識者による委員会の意見に基づいて行政庁が認定します。
これによって、統一的な判断と明確な基準を法令で定めることが可能になりました。
現行公益法人制度における税との関係については、法人格と税の優遇が連動しており、法人税は収益事業のみ課税対象でしたが、新制度では公益性を認定された公益財団法人やこれに寄附する人について新法施行までに、所要の税制上の措置が取られます。
一般社団法人や一般財団法人は、行政庁による監督がありません。
公益社団法人や公益財団法人では行政庁の監督のもと、一定の税制措置があるのです。