医療法人設立と個人開業の違い|どちらが有利?手続きの流れを比較

医療法人化

2025/5/7 2025/5/14

この記事の監修

古川 晃

行政書士法人RCJ法務総研 代表 / 行政書士 
株式会社リアルコンテンツジャパン(経済産業省認定経営革新等支援機関) 代表取締役

古川 晃

医療許認可の専門家として17年、医療法人設立・分院開設・合併・解散・一般社団法人による診療所開設など医療許認可1500件以上 クリニック様の助成金・補助金・融資などの資金調達100億円以上の支援実績

クリニックの開業を考える際、個人事業主として開業するか、医療法人を設立するかは重要な選択です。

それぞれにメリット・デメリットがあり、将来の経営方針やライフプランに大きく影響します。

本記事では、医療法人と個人開業の違いを詳しく解説し、どちらが有利かを判断するための情報を提供します。

医療法人と個人開業の基本的な違い

項目 個人開業 医療法人
経営主体 医師個人 法人組織
税制 所得税(累進課税) 法人税(定率課税)
社会的信用 個人の信用に依存 法人としての信用あり
事業承継 相続による 理事長交代で継続可能
分院展開 不可 可能
手続きの複雑さ 比較的簡単 設立・運営に手間がかかる

個人開業のメリット・デメリット

メリット

  • 開設が容易:開業までの手続きが比較的簡単で、迅速に開始できます。
  • 経営の自由度:経営判断を迅速に行えるため、柔軟な対応が可能です。
  • 初期費用が少ない:法人設立に比べて初期費用を抑えられます。 

デメリット

  • 税負担が大きい:所得が増えると税率も上がるため、高収入になるほど税負担が増加します。
  • 社会的信用の限界:法人に比べて信用力が劣る場合があります。
  • 事業承継の困難さ:相続による承継が必要で、手続きが煩雑になることがあります。
  • 法人と異なり、全ての責任が法人ではなく開設者個人にきます。

医療法人設立のメリット・デメリット

メリット

  • 税制上の優遇:法人税は定率課税であり、所得が増えても税率が一定のため、節税効果が期待できます。
  • 事業承継が容易:理事長の交代により、スムーズな事業承継が可能です。
  • 分院展開が可能:複数の診療所を開設でき、事業拡大がしやすくなります。
  • 社会的信用の向上:法人格を持つことで、金融機関や取引先からの信用が高まります。

デメリット

  • 設立手続きの煩雑さ:都道府県知事の認可が必要で、手続きが複雑です。
  • 運営コストの増加:社会保険料の法人負担や、役員報酬の支払いなど、経費が増加します。
  • 資金の自由な引き出しが制限される:法人の資金は個人のものではないため、自由に使うことができず、医療経営じょか必要な支出に限定されます。 

手続きの流れを比較

個人開業の手続き

  1. 開業地の選定と物件契約
  2. 医療機器や備品の購入
  3. 保健所への開設届(実地検査)
  4. 厚生局へ保険医療機関指定申請(保険診療がある場合) 

医療法人設立の手続き

  1. 設立メンバーの選定(社員2名、理事3名とそのうち1名を代表、監事1名以上)
  2. 都道府県知事への設立認可申請 (都道府県によるが年に2回ほどの締切期限があり、認可まで6ヶ月程度)
  3. 設立認可後、法務局での設立登記
  4. 保健所への開設許可
  5. 保健所への開設届(実地検査)
  6. 厚生局へ保険医療機関指定申請(保険診療がある場合)

どちらが有利?選択のポイント

判断基準 個人開業が適している場合 医療法人が適している場合
開業初期の資金 資金が限られている 資金に余裕がある
経営規模 小規模での運営を希望 将来的に分院展開を計画
税負担 所得が少ない 高所得で節税を検討
事業承継 特に考えていない 家族や他者への承継を計画
社会的信用 特に重視しない 金融機関との取引を重視

まとめ|自身の将来設計に合わせた選択を

医療法人設立と個人開業には、それぞれメリット・デメリットが存在します。

自身の経営方針や将来のビジョン、資金状況などを総合的に考慮し、最適な選択をすることが重要です。

また、制度や手続きは複雑であり、なかなか院長先生1人で完了させるのは難しいです。

また、行政手続きの中でも医療関係の手続は専門性、難易度が高く経験がある行政書士は多くありません。

事前に頼れる専門の行政書士を味方につけておきましょう。

お問い合わせはこちら

医療法人の設立・運営面についてサポートします!

医療許認可の専門家として17年。医療許認可1,500件以上の実績。
医療法人化または一般社団法人による診療所開設、
分院開設、医療法務顧問、補助金、助成金支援までサポートしております。

医療法人の専門家にお気軽にご相談ください

0353154597 お問い合わせ